混合模板DNA和有熒光素的Taqman探針，遵守聚合酶鏈反應規律使高溫變性，低溫復性，適溫延伸的熱循環完成，切斷和模板DNA互補配對的Taqman探針，熒光素在反應體系中游離。熒光在特定光激發下發出，被擴增的目的基因片段隨著循環次數的增加呈指數級增長，Ct值根據實時檢測與之對應的隨擴增而變化熒光信號強度求取出來，同時對照多個已知模板濃度的標準品，就能夠使待測標本目的基因的拷貝數得出。

　　熒光定量PCR儀需要規范樣品核酸提取和實時熒光擴增時的操作，避免樣品交叉污染，酶被降解，出現假陽性的情況。

　　（1）根據試驗的分區嚴格操作，按照提取區、擴增區、檢測區單方向流動，不能夠逆向流動物品、樣品和試劑。

　　（2）在對多份樣品進行操作的時候，制備反應混合液，首先混合好熒光PCR反應液、熒光探針和酶。之后在每個PCR管中進行分裝，如此不僅會使操作次數減少，而且能夠使污染避免，還能夠使反應的精確度增加。

　　（3）在對樣品和蛋白酶k添加的過程中，要對避免酶的降解和樣品的交叉污染尤其留心。

　　（4）在操作的時候，需要將陰性及陽性對照設立，能夠對熒光PCR反應的準確性和可信性進行驗證。

　　（5）使用的離心管、槍頭和PCR管需要確保沒有污染，或者將它們進行高壓滅菌。

　　（6）在完成核酸的提取之后應當立刻進行儀器的擴增，不能夠在室溫環境下過長時間放置提取的核酸，空氣中的酶能夠輕易的將其降解，其可以在－70℃冰箱內長期保存，在－20℃冰箱內短期保存。

　　（7）因為產物氣溶膠或標本DNA會很容易對移液器造成污染，所以需要使用可高壓處理的移液器。